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Après la chute du mur, Berlin a retrouvé son statut de capitale d’Allemagne. Ce qui semblait tenu pour acquis à l’étranger ne l’était pas en Allemagne. Les appréhensions historiques de certains états (Länder), la puissance et l’autonomie jalousement acquises des pôles régionaux et les transferts budgétaires prévisibles divisèrent les Allemands, responsables politiques compris.
Le 3 octobre 1990, jour de l'unification, moins d'un an après la disparation du rideau de fer, Berlin apparait aux yeux de tous comme la nouvelle capitale de l'Allemagne. Le transfert de la capitale de Bonn à Berlin (Hauptstadtbeschluss) ne fut adopté par le Bundestag qu’à l’issue d’un vote d’une courte majorité le 20 juin 1991.
En 1999, le gouvernement et la chancellerie quittèrent définitivement le village fédéral, sobriquet donné par les Allemands à Bonn (Bundesdorf). Si le transfert du gouvernement et du chancelier à Berlin est effectif depuis 1999, la résidence officielle du Président de la République fédérale a toujours été Berlin, et son château de Bellevue. Le chancelier Gerhard Schröder ne prit ses quartiers dans la nouvelle Chancellerie qu’en 2001. Il résida provisoirement dans l'ancien Conseil d'Etat de la RDA (Staatsratsgebaüde).
Berlin accueille à présent la majeure partie des institutions fédérales et ministères. Le Spreebogen
, le coude de la Sprée, abrite bon nombre des institutions fédérales : la Diète fédérale (Bundestag) dans l’ancien Reichstag, la Chancellerie, la Présidence fédérale et le Ministère fédéral de l'Intérieur.
Les autres organes gouvernementaux sont logés dans des bâtiments existants, près de l'Ile de la Sprée (Justice, Affaires étrangères), le long de la Wilhelmstrasse et de la Leipziger Strasse (Finances, Agriculture, Travail), en bordure de l'Invalidenstrasse (Transports, Economie), ou encore l'ancien quartier diplomatique du Tiergarten (Défense). L'ancienne Diète de Prusse accueille désormais le Conseil fédéral, représentation des 16 états (Bundesrat).