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La dynastie des Hohenzollern prit pied au Brandebourg en 1411 jusqu'en 1918, avec l'abdication de l'Empereur Guillaume II.
Jean l’Alchimiste, fils de Frédéric I, abrogea l'autonomie accordée par son père aux villes de ses possessions. Devant la pression fiscale, les villes de Berlin et Cölln renforcèrent leur union politique avec un conseil unique de quinze membres. Jean l'Alchimiste et ses successeurs s'appuyaient sur la petite noblesse locale, à laquelle furent soumis les paysans libres, formant ainsi d'immenses propriétés terriennes tenues par les aristocrates, les Junkers.
1442 : Frédéric II Dent de Fer
annula l'union entre Berlin et Cölln à la suite d'une révolte des patriciens, contraints de faire allégeance aux margraves du Brandebourg. Frédéric II s'appropria les terres au nord de l'île de Cölln, où il envisageait de construire un château.
1448 : Berlin se souleva contre Frédéric II, qu'il fit assiéger. A bout de vivres et privée du secours des villes de la Hanse, Berlin capitula et abandonna définitivement ses velléités d'autonomie. Trois ans plus tard fut érigée la résidence des Electeurs. Frédéric II entreprit alors sa politique d'unification du Brandebourg en rachetant à l'Ordre Teutonique ses terres et en obligeant les villes du margraviat à quitter la Hanse. L'installation de la Cour à Berlin permit de créer de nouveaux emplois et métiers.
1486 : Jean le Cicéron, neveu de Frédéric II Dent de Fer
, fit de Berlin sa résidence principale et de ce fait la capitale de l'Electorat, Kurfürstentum.
1506 : Fondation d'une université à Francfort-sur-l'Oder afin de préserver la capitale d'une élite hostile au pouvoir.
Les 95 Thèses de Martin Luther
connaissent une diffusion rapide en Brandebourg. Joachim Ier lutta contre la nouvelle religion, en dépit de la conversion de son épouse à la religion réformée ; refusant de renier sa foi, elle préféra s'enfuir.
1539 : Joachim II se convertit au protestantisme, la nouvelle religion de ses sujets. Les Saintes Ecritures furent alors traduites en allemand, les rendant accessibles à tous. Les finances de l'Electorat profitèrent par ailleurs de la sécularisation des biens du clergé catholique et de la confiscation des biens appartenant aux juifs expulsés par Joachim II.
Fin du XVIe S : Berlin ne connut qu'une faible croissance démographique. Les nouveaux habitants furent des officiers détachés à la Cour ainsi que des marchands et artisans saxons. Joachim II fit venir à sa cour des artistes et des savants, favorisa les Arts et fit agrandir le château de Cölln et reconstruire les châteaux de Köpenick et de Grunewald. Les fortifications furent renforcées avec l'édification de la citadelle de Spandau.
1569-1618 : Les Hohenzollern procédèrent à l’agrandissent de leurs domaines. Les droits de succession du Duché de Prusse furent achetés en 1569. Les Electeurs de Brandebourg en héritèrent officiellement en 1618.
Lors de la Guerre de Trente ans, les princes protestants s'allièrent à la France catholique et la Suède de Gustave II Adolphe contre l'Autriche voulant rétablir l'autorité de l'Eglise catholique dans le Saint Empire romain germanique. Le monarque suédois fut d'ailleurs tué lors de la bataille victorieuse de ses troupes à Lützen le 16 novembre 1632 face aux impériaux commandés par Wallenstein.
Le Brandebourg fut à plusieurs reprises le théâtre des opérations de part sa situation géographique centrale : au nord la Poméranie suédoise, au sud la Silésie et la Bohême autrichiennes. Les troupes suédoises s’enfoncèrent jusqu'en Bavière, les Impériaux quant à eux assiégèrent Stralsund pendant que les armées de Louis XIV ravagèrent le Rhin supérieur. Berlin et Cölln virent leurs populations décliner irrésistiblement. Rançonnées par les belligérants des deux bords, les populations civiles ne purent trouver leur salut qu’en prenant la fuite. Berlin perdit sa fonction de résidence en 1627 au profit de Königsberg, jugée alors moins exposée aux affres du conflit.
L'armistice fut signé en 1641. La Paix de Westphalie, signée à Münster, scella l'émiettement de l'Allemagne. L'économie était ruinée, les pertes humaines terribles ; le Brandebourg perdit la moitié de sa population.